	// Macro pour analyser des photos type « noyau cellulaire » en DAPI. Photos (16 bit) rangées dans un dossier. Des fenêtres pop-up demanderont les caractéristiques d’analyses. 
	//Attention il faut avoir chargé le pluging «Nucleus counter».


// Dossier des données à analyser

	dir = getDirectory("Dossier images à analyser ");
	list = getFileList(dir);

// Dossier de sauvegarde des données
	Sauve= getDirectory("Dossier de sauvegarde ");


//créer une boite de dialogue

	Dialog.create("Sélection des paramètres");

		Dialog.addNumber("Taille Threshold_Mini ", 355);
		Dialog.addNumber("Taille Threshold_Maxi ", 4095);
		Dialog.addNumber("Nucleus_Mini", 1);
		Dialog.addNumber("Nucleus_Maxi", 100000);
//Dialog.addNumber("taille median", 10);
		Dialog.show();

//dans l'ordre de la demande dans la boite a dialogue

		Taille_Threshold_Mini=Dialog.getNumber();
		Taille_Threshold_Maxi=Dialog.getNumber();
		Nucleus_Mini=Dialog.getNumber();
		Nucleus_Maxi=Dialog.getNumber();

for (i=0;i<list.length; i++) {
        path = dir+list[i];
        showProgress(i, list.length);
        if (!endsWith(path,"/")) open(path);
        if (nImages>=1) 
{

selectWindow(list[i]);

setThreshold(Taille_Threshold_Mini,Taille_Threshold_Maxi);
run("Convert to Mask");

run("Nucleus Counter", "smallest="+Nucleus_Mini+  " largest="+Nucleus_Maxi+  " threshold=Current smooth=[Median 3x3] watershed");

//il est possible d’utiliser une variante.
//run("Analyze Particles...", "size="+Nucleus_Mini+"-"+Nucleus_Maxi+  "pixel add slice");


selectWindow("Result of Analysis");
run("Measure");
selectWindow("Result of Analysis");

saveAs("Results", Sauve+"\\" +list[i]+ ".xls");
run("Window Closer"); 
}}








00// Jérôme CHAPUIS Mars 2016





