	// Exemple de photos multicanaux, en deux couleurs (bleu et vert), au format JPEG

	// Recherche du répertoire à analyser puis sélection et ouverture automatique des photos dans le répertoire

dir = getDirectory("Choose a Directory ");
list = getFileList(dir);
for (i=0;i<list.length; i++) {
        path = dir+list[i];
        showProgress(i, list.length);
        if (!endsWith(path,"/")) open(path);
        if (nImages>=1) {
	
	// Séparation des « merges » en deux photos.

run("RGB Split");

	// Sélection de l’image et début de la séquence d’analyse choisie pour le canal “blue” ou selon les cas le canal désiré

//selectWindow(list[i]+" (blue)");

selectWindow("C2-" + list[i]);

setThreshold(480, 4095);
run("Convert to Mask");
run("Nucleus Counter", "smallest=1 largest=1000 threshold=Current smooth=[Median 3x3] watershed");
run("Measure");

	// Macro de sauvegarde des données en fichier Excel avec chemin de d’accès au répertoire pour les « blue » renommé le non du fichier plus la racine « bleu »

run("Excel...", "select...=[C:\\Documents and Settings\\jerome\\Bureau\\resultats-test\\"+list[i]+" bleu.xls]");

	// remise à zéro du compteur 

run("Clear Results");

	// Sélection de l’image et début de la séquence de l'analyse choisie pour le canal “green”

//selectWindow(list[i]+" (green)");
selectWindow("C1-" + list[i]);

setThreshold(350, 4095);
run("Convert to Mask");
run("Measure");

	// Macro de sauvegarde des données en fichier Excel avec chemin de d’accès au répertoire pour les « green» renommé le non du fichier plus la racine « bleu »

run("Excel...", "select...=[C:\\Documents and Settings\\jerome\\Bureau\\resultats-test\\"+list[i]+"vert.xls]");

	// Fermeture des images ouvertes puis passage à la photo n+1

run("Window Closer"); 
}}


