Mécanismes d’adaptation à la niche écologique et pathogénicité des flavobactéries

Nos recherches actuelles se concentrent sur l’identification et la caractérisation de facteurs moléculaires impliqués dans la virulence et dans la spécificité d’hôte de F. psychrophilum. L’export d’effecteurs par le système de sécrétion de type IX (T9SS) contribue aux propriétés phénotypiques de la bactérie, notamment à sa pathogénicité. Nos travaux visent à caractériser la fonction des différentes protéines sécrétées via le T9SS. Des études sont aussi menées sur d’autres gènes d’intérêt comme les systèmes d’acquisition du fer dont certains identifiés chez les groupes de souches associés aux épisodes infectieux sévères chez la truite, ou des gènes de fonction inconnue fortement exprimés lors de la colonisation de l’hôte.

Des études d'association pangénomique (GWAS) permettent d’identifier des liens fonctionnels entre la présence de gènes spécifiques et des caractéristiques phénotypiques (espèce hôte, degré de virulence, capacité cataboliques…). Des approches de transcriptomique in vitro et in vivo permettent d’identifier des conditions d’expression particulières et d’associer des gènes ou régulons à de potentielles fonctions. Notre expertise en génétique bactérienne permet des études phénotypiques de mutants avec perte ou gain de fonction, notamment en lien avec le processus infectieux. Des modèles d’infection expérimentale chez la truite arc-en-ciel permettent d’évaluer les hypothèses fonctionnelles émises sur la base des analyses corrélatives de génomique.

Notre équipe est aussi impliquée dans le transfert des connaissances vers le développement de solutions de contrôle innovantes. Les travaux en cours visent à construire des souches atténuées par combinaison de délétions de gènes de virulence en vue de mener des essais vaccinaux chez la truite arc-en-ciel.

 Principales collaborations : INRAE MaIAGE, IERP et GABI, Génoscope, MNHN.

 Financements : ANR FlavoPatho, Institut Carnot F2E FLAVOVAC, TNA VetBioNet, DIM OneHealth2.0.