Des travaux conduits avec des modèles de culture ex vivo avaient donné des résultats discordants quant aux cibles initiales pulmonaires du virus et à la réponse innée induite. Grâce à une approche originale consistant à infecter un poumon humain entier maintenu vivant ex vivo à 37°C selon une technique utilisée couramment en transplantation, l’infection initiale a été analysée pendant 10 heures, en respectant l’architecture spatiale tissulaire. Le RNA-seq sur cellule unique a révélé que les macrophages alvéolaires et les macrophages intestitiels (situés sous les cellules épithéliales) sont les cibles principales virales. Par contre, les cellules épithéliales et les monocytes pulmonaires n’étaient pas significativement associées au virus. Après dissociation de tissus pulmonaire, tri en cytométrie, et culture avec le virus, les monocytes/macrophages du poumon ont exprimé des réponses inflammatoires spécifiques en fonction des sous-types cellulaires, des souches virales et des doses, les macrophages interstitiels étant les plus inflammatoires en réponse au virus.

Ces résultats originaux mettent en lumière le rôle des macrophages à l’étape initiale de l’infection, et suggèrent que leur réponse pourrait conditionner l’apparition des lésions ultérieures associées à la gravité, en fonction de la composition initiale alvéolaire en sous populations de macrophages, de la souche virale et de la dose.