La reconstruction in silico de la structure d’un alphavirus de salmonidé révèle des caractéristiques moléculaires singulières impliquées dans la virulence

Dans un article publié dans la revue iScience, des chercheurs des unités INRAE Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM), Université Paris-Saclay, UVSQ, et Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay, AgroParisTech, ont relevé le défi de reconstruire in silico l’architecture complète de SAV. Celle-ci a été obtenue avec succès par des approches de bioinformatique structurale basées sur l’intelligence artificielle. Les structures des protéines virales ont été prédites par AlphaFold et ont été assemblées en complexes symétriquement ordonnés en icosaèdre. Ces approches puissantes ont révélé la présence d’une structure secondaire singulière en hélice alpha localisée à la surface exposée de la protéine structurale E2 du virus, dans son extrémité N-terminale. Par une démarche intégrative, l’étude explore la diversité de séquences et la conservation évolutive de cette hélice ainsi que les conséquences fonctionnelles de variations de séquences sur le fitness viral et la virulence. Ces avancées ouvrent la voie à une meilleur compréhension de la pathogénicité des alphavirus aquatiques et leurs adaptions à leurs espèces hôtes.