Interactions hôte/bactérie intervenant dans la flavobactériose

Des interactions complexes semblent intervenir entre le génotype de la truite arc-en-ciel et celui de la bactérie, qui influent sur l’infection. Nous étudions en particulier ces interactions afin de caractériser les déterminants moléculaires de pathogénicité (voir aussi) et de sensibilité/résistance chez la truite (voir aussi). La virulence est comparée entre différentes souches bactériennes chez la truite, ou chez d’autres espèces de poisson comme l’ayu (collaboration Kindai University, Japon) afin d’étudier les facteurs de spécificité d’hôte.

Dans le contexte du changement global, la truiticulture fait face à des défis liés aux contraintes environnementales, comme l’économie des ressources en eau ou l’augmentation des températures. Nos travaux portent sur le rôle des conditions zootechniques telles que la température d’élevage ou le régime alimentaire sur le développement de la maladie et sur les facteurs génétiques et épigénétiques de résistance de l’hôte.

Nous étudions les interactions hôte/bactérie par des approches de transcriptomique (dual RNA-seq) permettant une analyse simultanée du transcriptome bactérien in vivo et de la réponse de l’hôte à l’infection. Une analyse comparée des réponses à l’infection de différentes lignées isogéniques de truite éclaire sur les mécanismes intervenant dans la résistance à la flavobactériose.

En parallèle des travaux d’infectiologie chez la truite arc-en-ciel, notre équipe développe des modèles cellulaires in vitro (lignées cellulaires) et ex vivo (cellules immunitaires) afin d’analyser les interactions hôte/bactérie à l’échelle cellulaire. Les modèles d’infection sur lignées cellulaires de poisson avec des bactéries fluorescentes permettent des analyses mécanistiques des interactions. Ils permettent un suivi dynamique des différentes étapes du processus infectieux, de l’adhésion à l’internalisation et/ou à la multiplication de F. psychrophilum, de la localisation intra-cellulaire des bactéries, ainsi qu’une caractérisation des réponses cellulaires associées. Nous développons aussi des modèles d’infection ex vivo sur cellules immunitaires de truite arc-en-ciel (leucocytes issus des principaux organes hématopoïétiques, cellules mononucléées du sang périphérique) afin d’appréhender les interactions bactéries/cellules dans leur complexité biologique. Des approches combinant imagerie, caractérisation des populations cellulaires et analyses moléculaires ciblées génèrent des données intégrées et complémentaires sur les réponses de l’hôte. Ces modèles ex vivo sont utilisés pour analyser les mécanismes cellulaires impliqués dans la résistance de différentes lignées isogéniques de truite présentant des niveaux contrastés de résistance/sensibilité à l’infection (voir aussi). Ces travaux visent à caractériser les déterminants moléculaires impliqués dans la virulence ainsi que les bases cellulaires et moléculaires de la résistance de la truite arc-en-ciel à la flavobactériose.

Principales collaborations : INRAE GABI, IERP, MaIAGE, Kindai university, I2BC sequencing platform

Financements : Union européenne, FEAMPA FLAVORESIST, PEPR ADAAPT